Przydział miejsc w rozgrywkach W Pucharze Zdobywców Pucharów w sezonie 1996/1997 mogli wystąpić zdobywcy krajowych pucharów z sezonu 1995/1996. Jeżeli ta sama drużyna zdobyła zarówno mistrzostwo kraju, jak i puchar, prawo udziału otrzymywał zespół, który zajął 2. miejsce w krajowym pucharze. W przypadku gdy w danej federacji nie przeprowadzono rozgrywek pucharowych, prawo udziału przysługiwało wicemistrzowi kraju.
Dodatkowe miejsce otrzymał zespół Olympiakos SFP jako zdobywca Pucharu Zdobywców Pucharów w poprzednim sezonie.
FederacjaLiczba miejsc Albania11 Andora10 Anglia10 Armenia10 Austria11 Azerbejdżan10 Belgia11 Białoruś11 Bośnia i Hercegowina11 Bułgaria10 Chorwacja11 Cypr10 Czechy11 Dania11 Estonia10 Finlandia11 Francja11 Gibraltar10 Grecja22 Gruzja10 Hiszpania11 Holandia11 Irlandia10 Irlandia Północna10 Islandia10 Izrael11 Jugosławia11 Liechtenstein10 Litwa10 Luksemburg10 Łotwa10 Macedonia11 Malta10 Mołdawia11 Monako10 Niemcy11 Norwegia10 Polska11 Portugalia10 Rosja11 Rumunia11 San Marino10 Słowacja11 Słowenia11 Szkocja10 Szwajcaria11 Szwecja10 Turcja11 Ukraina11 Walia10 Węgry11 Włochy11 Wyspy Owcze10