Pełnił też wiele odpowiedzialnych funkcji w zgromadzeniu.
Założenie zgromadzenia W odpowiedzi na ówczesne potrzeby Kościoła, Jan Berthier postanowił założyć instytut dla spóźnionych powołań misyjnych w ramach zgromadzenia, do którego należał. Saletyni nie okazali jednak aprobaty dla tego pomysłu.
28 września 1895 roku ks. Jan Berthier utworzył swoje nowe zgromadzenie zakonne. Jako wezwanie i wzór życia wybrał Świętą Rodzinę. Na główny cel dla misjonarzy Świętej Rodziny wyznaczył misje i pozyskiwanie nowych duchownych. Pierwszym domem zakonnym były dawne koszary w holenderskiej miejscowości Grave. Ogromną radością ojca założyciela były pierwsze śluby zakonne w 1900 roku, które złożyło 6 nowicjuszy.
Śmierć i proces beatyfikacyjny W dzień swojej śmierci, 16 października 1908, ks. Jan Berthier, wstał tak jak cała wspólnota, przespacerował się po swym pokoju i nagle poczuł się słabo, przewracając się na podłogę. Gdy udzielano mu pomocy medycznej i sakramentu namaszczenia chorych wielokrotnie powtarzał, że chce odprawić Mszę Świętą, jednak był zbyt słaby aby to uczynić. W momencie swojej śmierci miał 68 lat, z czego 47 lat przeżył w stanie duchownym. Zmarł w opinii świętości.