W swojej działalności naukowej koncentruje się na zagadnieniu udziału kobiet w życiu społeczno-politycznym. Bada międzynarodowe mechanizmy włączania i wykluczania kobiet ze sfery publicznej, zajmując się m.in. zjawiskiem tzw. szklanego sufitu. Prowadzi badania na temat gender i przemian ról społecznych kobiet i mężczyzn. Zajmuje się wpływem prawa Unii Europejskiej na polskie prawo w zakresie równouprawnienia płci.

Wraz z Eleonorą Zielińską współtworzyła pierwszy w Polsce projekt ustawy o równym statusie kobiet i mężczyzn, który wnoszono do parlamentu dwukrotnie: w 1996 i 1997, uzyskując podpisy odpowiednio 160 i 120 posłów. Do pierwszego czytania projektu w Sejmie doszło w czerwcu 1997 dzięki Iwonie Śledzińskiej-Katarasińskiej, jednak prace nad nim nie zakończyły się z uwagi na koniec kadencji Sejmu we wrześniu tego samego roku. Małgorzata Fuszara deklaruje się jako zwolenniczka parytetów płci na listach wyborczych, przyjęcie przez parlament tzw. ustawy kwotowej określiła jako największy sukces polityczny kobiet od 1918 roku. Zaangażowała się w działalność Kongresu Kobiet i stowarzyszenia powstałego na bazie tego ruchu społecznego – jako członkini rady programowej, wiceprezeska zarządu oraz minister ds. równości płci i przeciwdziałania dyskryminacji w powołanym przez tę organizację tzw.