Po śmierci Zinna służby specjalne FBI wydały ponad czterysta stron z informacjami o życiu i działalności. Sugerowano, że w erze McCarthy’ego należał do partii komunistycznej (CPUSA), ale on zaprzeczył, jakoby miało to miejsce; jedynie brał udział w działalnościach różnych komunistycznych organizacji, dla których jedyną motywacją był wkład w krzewienie społeczeństwa obywatelskiego..
W latach 60. XX wieku brał czynny udział w kampanii przeciwko wojnie w Wietnamie i wpłynął na Martina Luthera Kinga; od tego czasu służby specjalne uznały go za zagrożenie dla kraju i w notatkach zwracały uwagę na krytykę Zinna pod adresem FBI, że nie chronią czarnej mniejszości przeciwko „przemocy białego motłochu”. Howard Zinn był ideologicznym przywódcą tzw. peace activists; niezależnej i wpływowej organizacji działającej w Ameryce (m.in. Naomi Klein).
Śmierć Zinn pływał w hotelowym basenie, gdy dostał ataku serca. W dniu, w którym zmarł, miał wygłosić mowę w muzeum sztuki w Santa Monica. Zinn pozostawił córkę Myla Kabat-Zinn, syna Jeffa Zinna i pięcioro prawnuków.