Karol Estreicher jako pierwszy zaproponował założenie Muzeum Kościuszkowskiego w zabudowaniach fortu Kościuszko. Zalążkiem tej inicjatywy była niewielka ekspozycja pamiątek w kaplicy błogosławionej Bronisławy. Stała się ona celem kilku kradzieży i w związku z tym pozostałe zbiory zostały przeniesione do Muzeum UJ, Pałacu Sztuki, piwnic kamienicy przy ul. św. Jana 12 (siedziba Towarzystwa Miłośników Historii i Zabytków Krakowa), do Collegium Maius. W 1977, po ustąpieniu Estreichera ze stanowiska dyrektora Muzeum UJ, kolekcja została rozproszona. W 1994 powołano nowego prezesa Komitetu Mieczysława Rokosza, który rozpoczął dzieło scalenia zbiorów i ponownie wystąpił z inicjatywą utworzenia Muzeum Kościuszkowskiego w zabudowaniach fortu.
11 marca 1994 na mocy uchwały Rady Miasta Krakowa przekazano na cel powołania muzeum Bastion V z kaponierą fortu Kościuszko. 28 maja 1994 w kaponierze otwarto pierwszą wystawę stałą Insurekcja i tradycje kościuszkowskie w Krakowie (autor scenariusza Michał Niezabitowski, projekt plastyczny P. Górecki). Po przeprowadzeniu doraźnego remontu Bastionu V, 8 maja 2003 na 1. piętrze otwarto nową wystawę stałą pod dotychczasowym tytułem, wzbogaconą o gromadzone w dalszym ciągu zabytki kościuszkowskie.