Ferdynand odniósł nad Zápolyą zwycięstwo w bitwie pod Tokajem, po czym 16 grudnia w Preszburgu został wybrany przez większość węgierskich elit arystokratycznych królem Węgier. Koronował się 24 lutego 1527 roku w Czechach i 3 listopada tego samego roku na Węgrzech. Wcześniej, 1 stycznia, sejm chorwacki w Cetin ogłosił go królem Chorwacji. W marcu 1528 odniósł kolejne zwycięstwo w bitwie pod Sziną. Ponieważ jednak Zápolya nie wycofał się z walki i uznał się wasalem sułtana Sulejmana Wspaniałego, Habsburgowie zostali uwikłani w wojnę z Turkami Osmańskimi, którzy niebawem ponownie uderzyli na Węgry, a następnie Austrię. W 1529 r. Ferdynand I, z pomocą hiszpańskich i niemieckich wojsk Karola V, zmusił Turków do odstąpienia od oblężenia Wiednia. Rozpoczęła się epoka panowania Habsburgów w Czechach i na Węgrzech, ale także zmagań między nimi a książętami Siedmiogrodu o koronę Świętego Stefana.