Nie kontynuował kontrreformacyjnych działań ojca, ale z drugiej strony nie udzielał protestantom poparcia. Z czasem nabierał jednak sceptycyzmu względem reformacji i starał się hamować jej dalszy rozwój, mimo że nigdy nie posunął się do szerzej zakrojonych prześladowań. Tolerował inne wyznania dopóty, dopóki nie zagrażały one jego władzy i stabilności systemu politycznego. Wydał np. dekrety przeciw braciom czeskim, tradycyjnie nastawionym wrogo wobec Habsburgów.
Maksymilian II popierał też reformę Kościoła rzymskokatolickiego. Kiedy papież Pius IV i sobór trydencki wypowiedzieli się za celibatem księży i przeciw komunii pod obiema postaciami, cesarz zakazał publikowania uchwał soborowych (mimo że niemieccy katolicy przyjęli konstytucje soboru w 1566).
Szczególnie delikatna sytuacja w związku z podziałami religijnymi występowała w Rzeszy Niemieckiej. W 1566 na Sejmie Rzeszy w Augsburgu Maksymilian II zaatakował orędownika kalwinizmu palatyna reńskiego Fryderyka III Pobożnego, jednak w obliczu zdecydowanej opozycji książąt uznał faktycznie jego konfesję. Opracowane przez palatyna wyznanie wiary stało się podstawą dla Katechizmu Heidelberskiego wydanego w 1563. Nigdy jednak cesarz nie zgodził się na formalne rozszerzenie artykułów pokoju religijnego na kalwinizm.