Obecny kościół pod wezwaniem św. Joachima został zbudowany w 1746 roku w Bochni jako kościół klasztorny tamtejszego zakonu bernardynów. W 1788 roku nastąpiła kasata klasztoru i kościół został zakupiony przez magistrat miasta Bochni w 1793 roku, a następnie w 1794 roku dokładnie odtworzony w Krzyżanowicach. Do 2018 r. znaczącą częścią parafii była miejscowość Proszówki, ale od 2 września 2018 r. stanowią one odrębną parafię.
Proboszczem parafii jest ks. Adam Król.
Proboszczowie i administratorzy ks. Krzysztof Stanczewski (1784–1791) ks. Urban Lalikiewicz (1791 administrator) ks. Ambroży Żabiński (1791–1820) ks. Feliks Pustowski (1820–1830) ks. Stanisław Kobyliński h. Łodzia (1831–1834 administrator) ks. Kasper Miernicki (1834–1853) ks. Wincenty Worek (1853–1854 administrator) ks. Feliks Gondek (1854–1882) ks. Franciszek Dobrowolski (1882–1884) ks. Antoni Karnasiewicz (1884–1886) ks. Józef Dankowski (1886–1897) ks. Andrzej Sulisz (1897–1927) ks. Wojciech Papież (1927–1929 administrator) ks. Ludwik Pilch (1929–1930 administrator) ks. Franciszek Głąb (1930–1932 administrator) ks. Wojciech Biernat (od 1932 administrator, 1936–1941 proboszcz) ks. Władysław Lesiak (1941 administrator) ks. Jan Stach (1941–1943 administrator) ks. Jan Pabian (1943–1945) ks. Józef Skwirut (1945–1980) ks.