Osiadł na stałe w Stanach Zjednoczonych w 1962 roku, kiedy objął stanowisko profesora w katedrze mikrobiologii na University of Colorado Medical School, a także kierownika immunologii w związanym z tą uczelnią szpitalu i instytucie naukowym zajmującym się badaniami nad astmą dziecięcą. Został awansowany do stopnia profesora nadzwyczajnego w 1965 roku. To właśnie podczas pracy w Denver, dokonał odkryć dotyczących IgE i jej interakcji z komórkami tucznymi.
W 1970 roku Ishizaka został mianowany profesorem w katedrze medycyny i mikrobiologii w Johns Hopkins University Medical School w Baltimore, a także profesorem w katedrze biologii w Faculty of Arts and Sciences. Pracował tam do 1989 roku, kiedy przeniósł się do nowo powstałego La Jolla Institute for Allergy and Immunology w La Jolla, który został założony przy wsparciu finansowym Kirin Brewery Company. Początkowo pełnił funkcję dyrektora naukowego, a od 1990 roku dyrektora tego instytutu.
W 1996 roku przeszedł na emeryturę i powrócił do Japonii.