Jej kampus Katafuchi stał się następnie siedzibą Wydziału Ekonomii w zintegrowanej uczelni.
Po przystąpieniu Japonii do wojny na Pacyfiku powstały nowe wydziały, w tym Temporary College of Medicine (1940), East Asia Research Institute of Endemics (1942), Institute of Tropical Medicine.
W dniu 9 sierpnia 1945 roku Nagasaki doświadczyło amerykańskiego ataku atomowego. Szkoła została zniszczona, ponieważ wybuch nastąpił w odległości kilkuset metrów. Straciło życie łącznie 979 uczniów i pracowników ze szkół i uczelni: Nagasaki Medical College i jego College of Pharmaceutical Science, Nagasaki College of Economics, Nagasaki Normal School, Nagasaki Youth Normal School (dwie ostatnie to szkoły nauczycielskie), które później połączono, tworząc Uniwersytet Nagasaki w 1949. Utworzono kampus w Bunkyō, w miejscu wcześniejszej fabryki broni Mitsubishi.
We wrześniu 1945 szkoła została przeniesiona do Ōmura, a w 1946 roku do Isahaya. Stary kampus (Sakamoto) został odbudowany w 1950, po utworzeniu zintegrowanej uczelni.