Początkowo shōeny były nieduże. Sytuacja zmieniła się po wydaniu w 743 roku dekretu Konden-einen-shizai-hō, który zezwalał na wieczyste użytkowanie nowizn. W zamierzeniu władzy było przyciągnięcie biedoty do pracy na ziemi, w rzeczywistości jednak na dekrecie skorzystały arystokracja i klasztory, które miały środki na inwestowanie w nieużytki i dysponowały siłą roboczą do ich zagospodarowania. Po 743 roku najwięcej shōenów tworzono w dalekich od centrum prowincjach północno-wschodnich, co zapoczątkowało proces decentralizacji państwa.
W okresie Heian (794–1185) gospodarka japońska opierała się przeważnie na shōenach, a wzrost ich liczby odbywał się kosztem kokugaryō (ziemi publicznej) – ziem, stanowiących źródło dochodu aparatu urzędniczego (łącznie ze stanowiskiem cesarza). Z punktu widzenia prawa cała ziemia należała do cesarza, jednak w praktyce system shōenów ograniczał jego władzę: zmniejszały się wpływy do skarbu państwa, następowała redukcja pensji urzędników, którzy, aby zwiększyć własne dochody, oferowali swoją opiekę nad shōenami. Kurczenie się kokugaryō także na cesarzu wymusiło podjęcie prób uzyskania własnych shōenów.