Udało mu się przekonać generała George’a Marshalla, by ten skłonił prezydenta Roosevelta do wysłania Czangowi ultimatum, grożącego wstrzymaniem amerykańskiej pomocy wojskowej, o ile nie powierzy Stilwellowi pełnego i nieograniczonego dowództwa nad całością sił w Chinach.
Mimo próśb Patricka Hurleya, specjalnego wysłannika Roosevelta do Chin, który chciał przygotować nieco grunt i osiągnąć cel w sposób łatwiejszy do zaakceptowania dla generalissimusa, Stilwell natychmiast dostarczył Czangowi list prezydenta. Uważając to za posunięcie zmierzające do pełnego podporządkowania Chin, Czang odpowiedział, domagając się natychmiastowego zwolnienia Stilwella i przysłania dowolnego innego kompetentnego amerykańskiego generała w jego miejsce. Ostatecznie Stilwell został 18 października zwolniony z funkcji szefa sztabu Czang Kaj-szeka i dowódcy amerykańskich sił na chińskim teatrze walk; zastąpił go gen. Albert Wedemeyer. Jego dowództwo nad obszarem Chiny-Birma-Indie zostało podzielone między innych oficerów.
Czang pozbył się Stilwella, ale rząd Kuomintangu stracił bardzo wiele w oczach amerykańskiej opinii publicznej, która zaczęła wątpić w jego wolę walki z Japończykami. Spowodowało to m.in.