Ślub z Katarzyną Parr Thomas wiedział, że nie uda mu się poślubić którejś z sióstr Edwarda VI. Wobec tego odnowił swój romans z Katarzyną Parr. Wdowa po królu, która dotychczas 3 razy wychodziła za mąż z obowiązku, przyjęła oświadczyny Seymoura, w którym była zakochana. W kwietniu lub maju 1547 w tajemnicy i bez zgody Rady Regencyjnej odbył się ich ślub. Z tego powodu król utracił zaufanie do swojej byłej macochy. Thomas zwrócił się m.in. do Marii z prośbą o akceptację ich małżeństwa, lecz ta mu swojego poparcia odmówiła.
Relacja z Elżbietą Tudor Elżbieta mieszkała wraz z byłą macochą i jej nowym mężem w Chelsea. Thomas najprawdopodobniej molestował seksualnie 14-letnią siostrę króla. W marcu 1548 Katarzyna uznała, że sprawy zaszły za daleko i odesłała Elżbietę do Cheshunt. Po tych wydarzeniach reputacja Elżbiety bardzo ucierpiała i znacznie zwiększyła dystans pomiędzy nią a jej starszą siostrą Marią.
Konflikt z Lordem Protektorem Niechęć pomiędzy Thomasem a jego bratem Edwardem narastała. Thomas był zazdrosny o jego władzę i wpływy na króla. Dodatkowo bratowa Thomasa, Anna Stanhope, popadła w konflikt z Katarzyną Parr z powodu pierwszeństwa w hierarchii oraz klejnotów, które miały przysługiwać jednej z nich jako najważniejszej kobiety w królestwie.