Operacja przełączania kontekstu jest kluczowym elementem systemu a czas wykonania tej operacji decyduje o jego efektywności. Z tego powodu w systemie DioneOS ten fragment został zoptymalizowany pod względem czasu działania. Najważniejsze elementy zostały napisane w asemblerze pozwalając uzyskać przełączenie w czasie od 12-17 μs (dla fosc = 25 MHz)czas przełączania zależy od konfiguracji systemu i tego czy wtrąci się przerwanie zegarowe w środek przełączania kontekstu.
W systemie DioneOS przełączenie z jednego wątku na drugi może być wywołane z procedury obsługi przerwania. Tego typu operacja jest przydatna do przeniesienia obsługi zdarzenia do wątku, a wykorzystywana najczęściej przy dwuwarstwowej strukturze: funkcja obsługi przerwania (ISR), która jest wywoływana po wystąpieniu przerwania sprzętowego. W trakcie jej wykonywania przerwania zostają wyłączone. Z tego względu nie może być wykonywana zbyt długo, aby nie utracić responsywności systemu. W takiej części programu wykonuje się zazwyczaj operacje wymagające szybkiej reakcji a inne przekazuje się do warstwy drugiej, druga warstwa - przetwarzanie zdarzenia w osobnym wątku, tego rodzaju fragment nie blokuje przerwań i może być wywłaszczony.