Miał opinię człowieka bezkompromisowo poświęconego nauce; język jego prac i wykładów – suchy, formalny – był trudny do odbioru dla studentów, a sam Fijałek uchodził za człowieka apodyktycznego i zamkniętego w sobie. Wśród jego studentów byli m.in. Adam Vetulani i Tadeusz Glemma. Prof. Fijałek prowadził polemiki m.in. z Władysławem Konopczyńskim i Michałem Godlewskim, a także korespondował z Wojciechem Kętrzyńskim. Redagował czasopisma „Polonia Sacra” (1918–1921), „Archiwum Komisji Historycznej PAU”.
Miał siostrę Antoninę, po mężu Mozołowska. Po tym jak owdowiała w 1904, Jan Nepomucen Fijałek wspierał ją podczas wychowania osieroconych dzieci (w tym Stefana i Włodzimierza).
Zmarł 19 października 1936 w klinice UJ w Krakowie. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim (kwatera IB-wsch-po lewej gr. Wiązownickich). mały|Grób ks. Jana Fijałka na cmentarzu Rakowickim
Ordery i odznaczenia
Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski (7 listopada 1925)M.P. z 1925 r. nr 262, poz. 1082 „za wybitną działalność naukową i pedagogiczną”.