Wbrew obowiązującym zasadom organizacyjnym do 20 lutego 1940 nie podlegała ona bowiem prokuraturze przy Sądzie Krajowym w Bydgoszczy, ani nawet Prokuratorowi Generalnemu w Gdańsku – lecz bezpośrednio ministerstwu sprawiedliwości w Berlinie.
W pierwszych miesiącach okupacji duży wpływ na działalność Sondergericht Bromberg miała specjalna komisja Urzędu Policji Kryminalnej Rzeszy, na której czele stał dr Bernd Wehner. Komisja przekazywała sądowi wykrytych „sprawców, podżegaczy i pomocników” biorących udział w bydgoskiej „krwawej niedzieli”.
Procesy w sprawach dotyczących wydarzeń „krwawej niedzieli” 11 września 1939 – a więc zaledwie dwa dni po rozpoczęciu działalności – Sondergericht Bromberg wydał pierwsze trzy wyroki śmierci. Skazani zostali: 19-letni robotnik Bernard Zieliński, 35-letni właściciel drogerii Jan Owczarzak oraz 55-letni Jakub Przybył. Do 31 grudnia 1939 Sondergericht Bromberg rozpatrzył 1005 spraw, wnosząc 160 aktów oskarżenia. Skazanych zostało 147 oskarżonych: 100 osób na karę śmierci (w tym 13 kobiet), 10 osób na karę dożywotniego więzienia, 23 osoby na karę ciężkiego więzienia (łączny wymiar kar wyniósł 295 lat), a 14 osób na karę zwykłego więzienia (łączny wymiar kar wyniósł 69 lat). 21 osób zostało uniewinnionych.