W 1181 roku zmarł Kiyomori, a konflikt między rodami przerodził się w wojnę domową, która ogarnęła swoim zasięgiem cały kraj.
Minamotami dowodził najstarszy ocalały na skutek zamieszek ery Heiji syn Yoshimoto – Yoritomo. Przebywał w Kamakurze w prowincji Kantō, skąd jako uji-no chōja, naczelnik rodu, wydawał dyspozycje odnośnie do strategii pozostałym członkom rodu, do których należeli: przyrodni bracia Yoritomo, Yoshitsune i Noriyori, wuj Yukiie i kuzyn Yoshinako. Dzięki strategii, opracowanej przez Yoshitsune, Minamotom udało się odnieść zwycięstwa pod Ichinotani na zachód od Kōbe, następnie pod Yashimą na wyspie Sikoku, gdzie po porażce pod Ichinotani udał się dwór cesarski, oraz zadać ostateczny cios władzy Tairów w bitwie w zatoce Dan-no-Ura w 1185 roku.
Kres systemu insei Po przegranej bitwie w zatoce Dan-no-Ura cesarz Antoku (miał 7 lat) popełnił samobójstwo, skoczywszy do morza wraz ze swoją babką. Większość członków rodu Taira została uwięziona. Członkowie rodu Minamoto po zakończeniu wojny Gempei nie potrafili porozumieć się w kwestiach podziału wpływów w państwie. Doszło między nimi do intryg i wzajemnych oskarżeń, na skutek czego Yorimoto zgładził Yukiie, Yoshitsune i Noriyoriego. Rok wcześniej zginął na skutek niesnasek wewnątrz rodu Yoshinaka. W 1192 roku zmarł ex-cesarz Go-Shirakawa.