W dniach 3-6 czerwca 1942 „Shiranui” brał udział w operacji mającej na celu zajęcie Midway, eskortując zespół transportowców, lecz inwazja nie doszła do skutku z powodu klęski w bitwie pod Midway. W dniach 17-23 czerwca eskortował krążowniki „Kumano” i z Truk do Kure. Między 28 czerwca a 4 lipca eskortował transportowiec wodnosamolotów z Yokosuka w Japonii na Kiska (Aleuty). 5 lipca został jednak storpedowany i poważnie uszkodzony przez amerykański okręt podwodny USS „Growler” (SS-215) (3 zabitych). Po prowizorycznych naprawach i wzmocnieniu kadłuba, między 15 sierpnia a 3 września 1942 został przeholowany z Kiska przez Shimushu do Maizuru (m.in. przez niszczyciel ).
Na czas remontu, 31 sierpnia 1942 okręt został wycofany do „specjalnej rezerwy”. Remont trwał aż do 15 listopada 1943 i podczas niego wieża dział 127 mm nr 2 (na rufie) została zdemontowana i zastąpiona przez dwa potrójne stanowiska działek przeciwlotniczych 25 mm. Na przełomie 1943 roku na niszczycielach tego typu zamieniano też dwa dotychczasowe podwójnie sprzężone działka 25 mm na śródokręciu na potrójnie sprzężone oraz dodawano jedno podwójne stanowisko przed mostkiem.