Przebieg potoku Źródła potoku znajdują się na obszarze przysiółka Stawiska w Zalasowej koło Ryglic na wysokości 321 m n.p.m. (320 m). Górny bieg potoku znajduje się na Przedgórzu Karpackim, dolny odcinek na Płaskowyżu Tarnowskim. Dolina cieku przecięta jest osadami z epoki lodowcowej i leżącymi pod nią warstwami gliny z epoki miocenu. W górnym biegu Wątok przepływa przez tereny rolnicze, gdzie w wyniku spływów obszarowych zwiększa się ilość substancji biogennych w wodzie. W centrum miejscowości Skrzyszów potok uregulowano. W dolnym biegu ciek płynie przez tereny zurbanizowane Tarnowa, najpierw płytkim meandrującym korytem, by następnie wpłynąć do centrum miasta, gdzie został w latach 20. XX w. uregulowany. Na przełomie XX i XXI wieku wzdłuż Wątoku przy ulicy Nadbrzeżnej na tarnowskiej Starówce zbudowano kilkusetmetrowy bulwar, a także umocniono odcinki koryta i brzegu potoku betonem. W mieście ciek staje się odbiornikiem zanieczyszczeń odprowadzanych kolektorami wód opadowych, a przy silnych opadach może również przyjmować nadmiar ścieków z kanalizacji ogólnospławnej.
Na terenie Tarnowa, prawdopodobnie od średniowiecza, część wód Wątoku prowadzona była odrębnym korytem zwanym Młynówką, w celu napędzania młynów w mieście, jednak ze względu na duże zanieczyszczenie ściekami wód tego odcinka, zasypano go w latach 30.