Sezon zasadniczy trwał 21 tygodni i zakończył się 8 marca 2009 roku. Wyniki sezonu regularnego 2008/2009MiejsceDrużynaWynik% wygranych1Aisin Seahorses24 wygranych, 11 przegranych68,62Hitachi SunRockers23 wygranych, 12 przegranych65,73Panasonic Trians22 wygranych, 13 przegranych62,94Toyota Alvark18 wygranych, 17 przegranych51,45Link Tochigi Brex16 wygranych, 19 przegranych45,76Toshiba Brave Thunders15 wygranych, 20 przegranych42,97Rera Kamuy Hokkaido14 wygranych, 21 przegranych408Mitsubishi Diamond Dolphins8 wygranych, 27 przegranych22,9 JBL All-Star 23 grudnia 2008 roku miał miejsce JBL All-Star.Uczestniczących w tym przedsięwzięciu, jak we wcześniejszym sezonie, wybrali fani poprzez głosowanie. Zawodnicy: Wschód: ☆ (Hitachi) ☆ (Tochigi) ☆ (Hokkaido) ☆ (Hitachi) ☆ (Tochigi) ☆ James Cripe (Tochigi) ☆ Tyler Newton (Hokkaido) ・ (Tochigi) ・ (Hokkaido) ・ (Toyota Alvark) Zachód: ☆ (Toshiba) ☆ (Aisin) ☆ (Aisin) ☆ (Aisin) ☆ (Aisin) ☆ Corey Violet (Toshiba) ☆ Karl Thomas (Mitsubishi) ・ (Toshiba) ・ (Aisin) ・ (Panasonic) ZwycięzcaWynikPrzegranyMVPWschód120:98ZachódKawamura Takuya Play-off 14 marca 2009 roku rozpoczęły się półfinały rozgrywek pucharowych. Podobnie jak w poprzednim sezonie, zakwalifikowało się 4 najlepsze drużyny.