Po wkroczeniu Niemców do Lwowa w 1941 roku, zaangażował się w tajne nauczanie. Do 31 sierpnia 1944 roku koordynował działalność lwowskich tajnych szkół średnich. Ponadto pracował fizycznie na plantacjach miejskich.

Po wojnie trafił do Torunia, gdzie pod koniec września 1945 zatrudnił się na organizowanym Uniwersytecie Mikołaja Kopernika (UMK). 22 maja 1946 roku otrzymał stanowisko profesora nadzwyczajnego, a 30 maja 1957 tytuł profesora zwyczajnego. W latach 1945–1953 pracował też w Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku.

W latach 1948–1950 pełnił funkcję prodziekana, a od 1950 do 1952 roku dziekana Wydziału Humanistycznego UMK. W 1950 roku organizował Zespół Katedr Historii, którego kierownikiem został 1 września 1952 roku. Po przekształceniu Zespołu Katedr Historii w Instytut Historii piastował stanowisko jego dyrektora w latach 1957–1959 i 1963–1966. W 1959 roku pełnił funkcję prorektora UMK ds. nauczania.

Wśród licznych odznaczeń nadanych Bronisławowi Włodarskiemu są Krzyż Oficerski i Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski.

W 1966 roku przeszedł na emeryturę. Zmarł w 1974 roku w Gdyni, ale pochowany został na Cmentarzu św.