Johnston jest atolem zbudowanym ze skał koralowych, otoczonym rafą koralową. Główna wyspa pierwotnie miała powierzchnię 19 ha. Obecnie w wyniku rozbudowy na potrzeby lotniska, Johnston Island ma powierzchnię 2,41 km². Do wyspy zaliczane są także trzy wysepki, a łączna powierzchnia tego terytorium wynosi 2,67 km². Wyspy są płaskie i niskie, a najwyższy punkt, Summit Peak, wznosi się na wysokość 5 m n.p.m. Wybrzeże największej wyspy zostało całkowicie zmienione przez człowieka.
Klimat i wody
Wyspy leżą strefie klimatu podrównikowego, który cechuje się niskim poziomem opadów deszczu. Pogodę kształtują północno-wschodnie pasaty. Temperatury typowe dla klimatu równikowego z niewielkimi wahaniami rocznymi.
Brak wód powierzchniowych. Wody gruntowe są zasolone.
Flora i fauna
Roślinność jest uboga, brak drzew. Występuje roślinność trawiasta i krzaczasta. Należy zwrócić uwagę na to, iż na głównej wyspie roślinność została prawie całkowicie wyniszczona. Prawie całą przeobrażoną powierzchnię wyspy zajmuje lotnisko. W wodach oblewających obszar Johnston znajdują się rafy koralowe.
Świat zwierząt ogranicza się do ptaków morskich i migrujących ptaków brodzących. Poza ptakami na wyspach spotkać można żółwia zielonegoU.S. Fish and Wildlife Service. 1995.