Wyspy znajdują się w strefie zwrotnikowego morskiego klimatu, kształtowanego przez północno-wschodnie pasaty. Temperatury cechują się dużymi, jak na obszar morski, wahaniami. Latem średnie wartości wynoszą się od 21 °C do około 30 °C, gdzie noce są chłodne. Zimą średnie wartości wynoszą 19-22 °C. Najniższa zanotowana temperatura miała wartość 13 °C. Opady są dość niskie i średnia roczna wynosi 420 mm. Największe opady notuje się zimą, ale zasadniczo w ciągu całego roku mogą zdarzać się opady. Klimat jest dość suchy.
Wody powierzchniowe są bardzo ograniczone, a na większości wysp, szczególnie na atolach, wody powierzchniowe nie istnieją. Wody gruntowe często są zasolone.
Flora i fauna
Roślinność wysp jest dość uboga, przeważają trawy i roślinność krzewiasta. Na większych wyspach, przede wszystkim na Laysan Island, występują zbiorowiska palm i paproci.
Midway odwiedza rocznie prawie trzy miliony ptaków. Są to głównie ptaki wędrowne. Wyspy są przystankiem dla albatrosów. Na brzegach wysp występują także gatunki zwierząt prowadzących wodno-lądowy tryb życia, m.in. żółwi morskich. W obrębie raf koralowych liczne są różne gatunki ryb, kalmarów, ośmiornic i skorupiaków,August 19, 2009. https://web.archive.org/web/20130522041619/http://www.fws.gov/midway/midwaywildlifebirds.html.