Od roku 1998 rozpoczął się kryzys spowodowany końcem karier i odejściem czołowych zawodniczek. Drużyna grała niemal samymi juniorkami. Mimo to zespół jeszcze przez kilka kolejnych sezonów radził sobie z walką o uniknięcie degradacji. W 1998 roku gorzowianki zajęły 7. miejsce, w 1999 roku – 5, w 2000 roku – 6, a w 2001 roku po raz ostatni zdobyły medal mistrzostw Polski – brązowy. Ten ostatni medal w historii klubu zdobyły: Dorota Dłużewska, Krystyna Połomska, Justyna Białasek, Mariola Silwończyk, Anna Grochowska, Patrycja Lipka, Magdalena Rolak, Ewa Karpienia, Diana Wysoczańska, Anna Serwata, Anna Gucze, Katarzyna Wysoczańska, Natalia Pisula, Edyta Łukaszewicz, Justyna Zając, Agnieszka Kałuzińska, Anna Świątkowska, Katarzyna Łyjak, Agnieszka Świątkowska i Anna Szymankowska.
W sezonie 2005/2006 po zajęciu 5 miejsca i przegranych barażach gorzowianki opuściły najwyższą klasę rozgrywkową. W sezonie 2009/2010 klub zajmując drugie miejsce w II lidze uzyskał awans do powiększonej ekstraligi. Jednak już po roku musiał opuścić elitę.