Pochowany został na wileńskim Cmentarzu na Rossie. Z inicjatywy Władysława Korkucia, dzięki zbiórce społecznej na grobie postawiono pomnik, na którym wykuto napis, autorstwa Stanisława Jakutisa: „Pamięć o człowieku nauki, humaniście, wielkim znawcy dziejów wileńskich, miłośniku teatru i folkloru trwać będzie w sercach rodziny, zespołu Wilia, współpracowników oraz wszystkich wilnian i przyjaciół.” Autorem projektu pomnika nagrobnego jest wileński dziennikarz i poeta Wojciech Piotrowicz. Zarówno dzień w dacie urodzenia, jak i dzień w dacie śmierci umieszczone na pomniku są błędne. Błędna data śmierci pojawia się nawet w opracowaniach naukowych (np. 6 czerwca 1972).
Był pierwowzorem postaci Murza-Murzicza autobiograficznej powieści „Rzeczywistość” Jerzego Putramenta. Wspominał go również Czesław Miłosz w „Innym Abecadle”.
Jerzemu Ordzie został poświęcony film dokumentalny „Anarchista w duchu św. Augustyna”, w reżyserii Dovilė Gasiūnaitė, według scenariusza Ilony Lewandowskiej.
22 września 2023 roku Jerzy Orda został pośmiertnie odznaczony Krzyżem Ratowania Ginących przez Prezydenta Litwy.