Miał kilka partnerek, w tym Wandę Leśmian, córkę Bolesława Leśmiana, która jednak nie zamieszkała z nim na stałe oraz Wandę Natolską, która mieszkała z nim stosunkowo długo i pomagała w domu. Po śmierci Natolskiej miał zaproponować małżeństwo swojej wielkiej miłości, malarce , która jednak odrzuciła oświadczyny. Ożenił się dopiero w listopadzie 1961 roku, w wieku 76 lat, z młodszą o dwie dekady malarką Wandą Anitą Szatkowską.
W latach 1966–68, na podstawie opowiadań Szaniawskiego, powstał dwuczęściowy serial „Klub profesora Tutki” w reżyserii Andrzeja Kondratiuka.
W 1969 roku Jerzy Szaniawski trafił do szpitala z udarem mózgu, ale został wypisany na życzenie żony. Żona postanowiła leczyć go kontrowersyjnymi metodami w wynajętym pokoju w Warszawie. Zmarł 16 marca 1970 roku w Warszawie. Został pochowany na cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera A32-2-13).