W latach sześćdziesiątych w zielonogórskim muzeum był realizowany program merytoryczny stworzony przez Michała Kubaszewskiego. Zostały powołane następujące działy: etnograficzny, archeologiczny, historyczny, sztuki, winiarski, oświatowy oraz pracownia konserwatorska. W wyniku prowadzenia na terenie województwa intensywnych badań archeologicznych i etnograficznych znacznie powiększyły się zbiory muzealne. W drugiej połowie lat sześćdziesiątych dominującą rolę pełniła ekspozycja winiarska. W 1967 r. placówka otrzymała nazwę „Muzeum Ziemi Lubuskiej”.
W latach 1978–1985 nastąpiły istotne zmiany struktury organizacyjnej. W oparciu o zbiory działów etnograficznego, archeologicznego i historycznego powstały samodzielne muzea w Ochli, Świdnicy i Drzonowie. Największą część ciągu ekspozycyjnego zarezerwowano na potrzeby Galerii AutorskichJ. Muszyński, Paralele muzealne – wspomnienia, w: Muzea zielonogórskie, red. A. Toczewski, Zielona Góra 1996, s. 45–48. L. Sarnowska, Galerie autorskie. Katalog-kalendarium 1976–1988, Zielona Góra 1989., które były indywidualnymi prezentacjami współczesnych artystów plastyków.