W 2012 wszczęto postępowanie karne w sprawie nielegalnego finansowania Partii Reform, którego Kristen Michal w czasie pełnienia funkcji sekretarza generalnego partii miał być głównym organizatorem; postępowanie zamknięto w tym samym roku wobec braku dowodów. W grudniu 2012 polityk podał się do dymisji z zajmowanego stanowiska w rządzie, został odwołany w tym samym miesiącu.
W 2015 Kristen Michal utrzymał mandat poselski na kolejną kadencję. W kwietniu tegoż roku zaprzysiężony na urząd ministra gospodarki i infrastruktury w drugim rządzie Taaviego Rõivasa. Zakończył pełnienie tej funkcji wraz z całym gabinetem w listopadzie 2016. Zasiadł później również ponownie w radzie miejskiej estońskiej stolicy. W 2019 i 2023 ponownie wybierany na deputowanego do Riigikogu. W kwietniu 2023 powrócił do administracji rządowej, obejmując stanowisko ministra klimatu w nowo powołanym trzecim rządzie Kai Kallas.