Wkrótce wziął udział w zdobywaniu Pekinu, znów wyróżniając się osobistą odwagą, co przyniosło mu awans do stopnia komandora porucznika (Commander).
Po powrocie do Wielkiej Brytanii Keyes został mianowany dowódcą flotylli niszczycieli stacjonującej w Devonport. W 1904 roku brał udział w śledztwie dotyczącym incydentu na Dogger Bank i zeznawał w tej sprawie przed międzynarodowym trybunałem w Paryżu. W następnym roku otrzymał promocję do stopnia komandora (Captain), jako jeden z najbardziej obiecujących młodych oficerów floty. Do 1908 roku służył jako attaché morski w Rzymie, Konstantynopolu, Wiedniu i Atenach. Powrócił na morze jako dowódca krążownika drugiej klasy „Venus”. Dwa lata później zaproponowano mu stanowisko inspektora nowej broni: okrętów podwodnych (Inspecting Captain of Submarines). Na tym stanowisku stworzył podstawy taktyki tej klasy okrętów, zdobywając jednocześnie doświadczenia, które okazały się niezwykle przydatne w dalszej karierze.