W barwach stołecznego klubu grał przez szesnaście lat, w trakcie których zdobył z klubem jeden Puchar Króla oraz dziesięć mistrzostw Wspólnoty Autonomicznej Madrytu.
Po zakończeniu kariery został sekretarzem klubu w 1929 roku. W trakcie swojej pracy był odpowiedzialny za sprowadzenie do klubu m.in. Ciriaco Errastiego, Josepa Samitiera, Ricardo Zamory czy Jacinto Quincocesa, którzy później przysłużyli się do zdobycia dwóch mistrzostw Hiszpanii.
Wojna domowa Był sympatykiem frankizmu. Podczas wojny domowej z lat 1936–1939 walczył w oddziałach generała Franco, będąc członkiem 150. dywizji pod komendą Muñoza Grandesa.
Prezesura Po zakończeniu wojny domowej Real Madryt znajdował się w stanie agonalnym. Znaczna część pracowników administracji została zamordowana, a część trofeów skradziona. Dzięki ogromnym staraniom Bernabéu klubowi dało się przetrwać. Przebudowę klubu zaczął od wdrażania zmian strukturalnych, dzieląc działanie klubu na obszary i poziomy, nad którymi pieczę sprawowały niezależne zespoły techniczne.
Santiago Bernabéu często podkreślał w czasie swojej prezesury, że wbrew powszechnej opinii to Atlético Aviación (dziś Atlético Madryt) było klubem rządowym.