W sezonie 2006 zespół zmagał się z szybką degradacją opon przez maszynę YZR-M1. Amerykanin znalazł się na podium w jednym wyścigu, zajmując na technicznym obiekcie Istanbul Park trzecią pozycję. Podczas GP Holandii Colin był bliski zwycięstwa, jednakże w wyniku agresywnej walki z Nicky Haydenem, stracił panowanie nad motocyklem i upadł na deski. Ostatecznie zdołał dojechać na trzynastej lokacie. Nierówny sezon ukończył na 7. miejscu.
Rok 2007 był ostatnim dla Colina w zespole trzech skrzyżowanych kamertonów. Ponownie ekipa miała problemy z zarządzaniem ogumieniem Michelin. Amerykanin osiągnął jednak sukces w postaci dwóch pole position, odpowiednio we Francji (stracił szansę na dobry rezultat, w wyniku błędnej strategii) oraz w Wielkiej Brytanii. Dwukrotnie stawał na podium, po raz pierwszy w drugiej eliminacji na torze w Hiszpanii. Drugi raz w deszczowych warunkach na torze Donington Park. Zdobyte punkty sklasyfikowały go na 9. pozycji.