W sobotę 18 marca 1939 w godzinach porannych w pałacu wybuchł pożar. Zniszczenia powstałe w wyniku pożaru były duże. Spłonął dach pałacu oraz dwie sale zajmowane przez SEP i centrala telefoniczna SEP. Pozostałe pomieszczenia, w tym Biblioteka Centralna, zostały zalane wodą. Jednak to nie był koniec pożarów w pałacu. Na początku września 1939 pałac został zbombardowany bombami zapalającymi i spłonęło całe jego wyposażenie.
Dzięki wysokiej jakości robót budowlanych pałac przetrwał pożar w pierwszych dniach II wojny światowej w stanie pozwalającym na odbudowę. W pożarze utracił tylko dach i część stropów, mury pozostały prawie nie uszkodzone.
Po wojnie pałac planowano odbudować m.in. z przeznaczeniem na siedzibę Centralnego Biura Wystaw Artystycznych. Pojawiła się także propozycja ulokowania w nim ambasady Niemieckiej Republiki Demokratycznej. W 1958 gmach przekazano Francji z przeznaczeniem na ambasadę tego kraju, jednak Francuzi poinformowali stronę polską, że adaptacja istniejących murów pałacu jest niemożliwa. Motywem odrzucenia tej oferty przez oba państwa była „burżuazyjna niemieckość” pałacu. W 1959 Pałac Kronenberga został skreślony z rejestru zabytków.