W sezonie 1999 został partnerem Foggy'ego w ekipie Ducati Perfomance. W trakcie rywalizacji zwykle przegrywał pojedynki z bardziej doświadczonym Brytyjczykiem, ostatecznie tracąc do niego w klasyfikacji ponad sto punktów. Zdobyte punkty ponownie pozwoliły zająć 3. lokatę w końcowej klasyfikacji, będąc pokonanym również przez Amerykanina Colina Edwardsa. Pięciokrotnie ruszał z pierwszej pozycji, trzykrotnie natomiast dojeżdżał na najwyższym stopniu podium (z czego dwukrotnie na australijskim obiekcie Phillip Island).
W roku 2000 Corser nawiązał współpracę z debiutującą w serii włoską stajnią Aprilia Racing. Był to bardzo udany sezon dla Australijczyka, który pięciokrotnie zwyciężał, jednakże w wyniku niestabilnej formy nie mógł skutecznie walczyć o tytuł mistrzowski. Ostatecznie zmagania ukończył po raz trzeci z rzędu na 3. miejscu.
Sezon 2001 rozpoczął od dubletu na torze w Walencji. W dalszej fazie rywalizacji forma Australijczyka nie była jednak na tyle mocna, aby włączył się do walki o najwyższe cele. Zdobyte punkty sklasyfikowały go na 4. pozycji.