W sezonie 1990/1991 klub wygrał północną drugą dywizję Isthmian League. W kolejnym zespół wygrał mistrzostwo pierwszej dywizji, pozostając niepokonanym na własnym stadionie, i awansował do Premier Division Isthmian League. W sezonie 1993/1994 drużyna wygrała ligę i w przyszłym powinna była zagrać w Football Conference jednak stadion nie spełniał wymogów więc Stevenage kolejny sezon musiał ponownie występować w Premier Division Isthmian League.
thumb|250px|Stadion Broadhall Way
W 1993 roku drużyna po raz pierwszy w historii osiągnęła pierwszą rundę FA Cup ulegając na wyjeździe Hereford United 2:1.
W sezonie 1996/1997 klub, także po raz pierwszy w historii, awansował do III rundy FA Cup, gdzie uległ w meczu powtórkowym na St Andrews drużynie Birmingham City 0:2. W kolejnym sezonie klub zaszedł do IV rundy, podejmując na własnym stadionie Newcastle United. Ze względu na spore zainteresowanie ze strony kibiców Newcastle, trybuna stadionu Broadhall Way, na której zasiadają goście została rozbudowana;