Został mianowany dyrektorem technicznym Agencji Żydowskiej i uczestniczył w zakładaniu osad żydowskich.
W 1929 ponownie wstąpił do żydowskich sił samoobrony i został dowódcą sił Hagany w Hajfie, a następnie szefem działu szkoleń na szczeblu krajowym. W latach 1939–1945 był szefem sztabu Hagany. Podczas II wojny światowej uczestniczył w opracowywaniu planów obrony społeczności żydowskiej na wypadek przełamania przez hitlerowców brytyjskiej obrony w Egipcie. Po wojnie podjął decyzję o reorganizacji rozproszonych sił Hagany na wzór armii, tworząc brygady i mniejsze jednostki wojskowe. W 1946 stanął na czele delegacji żydowskiej wysłanej do Stanów Zjednoczonych w celu zakupu broni.
Szef Sztabu Generalnego W dniu 16 czerwca 1947 objął funkcję szefa sztabu generalnego Hagany. Gdy podczas wojny o niepodległość w dniu 28 maja 1948 sformowano Siły Obronne Izraela, Dori został pierwszym szefem Sztabu Generalnego Sił Obronnych Izraela. Pomimo swoich umiejętności był już jednak człowiekiem mocno schorowanym i 9 listopada 1949 ustąpił ze stanowiska, po czym odszedł do cywila.