W 1946 wystąpił z Hagany. Przyczyną jego rezygnacji był spór z Icchakiem Sadehem o włączenie karabinu maszynowego w standardowe uzbrojenie drużyny. Po opuszczeniu wojska Jadin podjął pracę na Uniwersytecie Hebrajskim, jednak w 1947 został ponownie powołany do Hagany. Podczas wojny o niepodległość był odpowiedzialny za wiele kluczowych decyzji. Był szefem sztabu operacji w Sztabie Generalnym Sił Obronnych Izraela. Gdy w czerwcu 1948 premier Dawid Ben Gurion podjął próbę wymienienia wysokich dowódców armii, posługując się przy tym kluczem przynależności partyjnej do Mapai, alluf Jigael Jadin zagroził wystąpieniem z armii i oskarżył premiera o próbę „przekształcenia armii w wojsko jednej partii politycznej”.
Szef Sztabu Generalnego 9 listopada 1949 otrzymał awans na stanowisko drugiego szefa Sztabu Generalnego Sił Obronnych Izraela. Podał się do dymisji 7 grudnia 1952. Przyczyną jego dymisji było nieporozumienie z premierem Dawidem Ben Gurionem w sprawie cięć w budżecie wojskowym, który według Jadina powinien wynosić jedną trzecią budżetu państwa.