W kwietniu 2016 roku Marcin Koszałka otrzymał za Czerwonego pająka nagrodę za reżyserię na Festiwalu Filmów z Europy Środkowo-Wschodniej goEast w Wiesbaden. Film doceniono też nagrodą krytyków oraz specjalnym wyróżnieniem kanału kulturalnego 3sat. Czerwony pająk przyniósł też autorowi Nagrodę Specjalną na 41. Festiwalu Filmowym w Gdyni w 2016 roku za „odwagę w przekraczaniu granic gatunkowych”. Film trafił do dystrybucji w kinach w Czechach i Włoszech.
W 2017 otrzymał I nagrodę w kategorii film oraz Grand Prix MBA na Międzynarodowym Biennale Architektury w Krakowie pod hasłem „Podwórze – pole wyobraźni” za film rysunkowy Krakowska sztuka chaosu, zrealizowany we współpracy z Januszem Bartkowiczem. Jury przyznało nagrodę „za dobrze wyreżyserowaną opowieść nie tylko o przestrzeni publicznej, ale również o jej użytkownikach”.
W 2024 roku otrzymał dwie nagrody 49. Festiwalu Polskich Filmów Fabularnych w Gdyni: za reżyserię i scenariusz (wspólnie z Łukaszem M. Maciejewskim) filmu Biała odwaga. W 2025 otrzymał nominacje do Orłów za najlepszą reżyserię, zdjęcia i (wspólnie z Łukaszem M. Maciejewskim) scenariusz za film Biała odwaga Za Białą odwagę również w 2025 otrzymał nagrodę dla najlepszego reżysera na D.C.