Na początku września, już po wybuchu wojny, sformowane zostały kolejne dwie grupy operacyjne: Einsatzgruppe VI pod dowództwem SS-Oberführera Ericha Naumanna i Einsatzgruppe zur besonderen Verwendung pod dowództwem SS-Obergruppenführera Udo von Woyrscha. W Gdańsku zorganizowano ponadto samodzielny oddział Einsatzkommando 16 pod dowództwem SS-Obersturmbannführera Rudolfa Trögera. W operacji „Tannenberg” wzięło udział łącznie około 2700 funkcjonariuszy niemieckiej policji i służb bezpieczeństwa.
EG I podążała w ślad za oddziałami niemieckiej 14 Armii, operując przede wszystkim na terenach Górnego Śląska, Zagłębia Dąbrowskiego, Małopolski i Podkarpacia. EG II podążała w ślad za oddziałami niemieckiej 10 Armii, operując w północnej części Górnego Śląska, na ziemi częstochowskiej i radomskiej oraz na Kielecczyźnie. EG III podążała w ślad za oddziałami niemieckiej 8 Armii, operując na obszarze Wielkopolski i ziemi łódzkiej. EG IV podążała w ślad za oddziałami niemieckiej 4 Armii, operując początkowo na terenach Pomorza Gdańskiego. Później została przerzucona do Białegostoku, skąd następnie zawróciła na zachód, by 1 października wkroczyć do Warszawy. EG V podążała w ślad za oddziałami niemieckiej 3 Armii, operując we wschodniej części Pomorza oraz na północnym Mazowszu. EG z.b.V.