Kolejny patrol bojowy (październik–listopad 1941) odbywał się na północnym Atlantyku. 20 października Hardegen przechwycił konwój SL-89 i storpedował eskortujący go krążownik pomocniczy HMS „Aurania” (13 984 t). Mimo uszkodzeń, udało się go ocalić i ostatecznie doholować do portu. Wskutek zamieszania „Auranię” opuściło jednak kilku członków załogi. Jeden z nich, marynarz Bertie E. Shaw, podjęty z tratwy ratunkowej przez załogę U-123, zdołał przekonać Niemców, że jego jednostka zatonęła. W ten sposób powstrzymał ich przed kontynuowaniem ataku. Następnego dnia okręt podwodny wykrył kolejny konwój, ale nadlatujący samolot zmusił go do zanurzenia i stracono kontakt. Kolejne dni upłynęły na bezowocnym patrolowaniu wód na południe od Grenlandii.

Operacja Paukenschlag (ostatnie 2 rejsy) Katastrofa lotnicza, której Hardegen uległ w 1936 roku i która wywołała trwały uszczerbek na jego zdrowiu, spowodowała uznanie go za niezdolnego do służby na U-Bootach. W końcu informacja ta dotarła do Dönitza, który ze względu na uznanie dla poświęcenia podwładnego pozwolił mu na jeszcze dwa rejsy, tym bardziej, że potrzebował doświadczonych dowódców do przeprowadzenia nowego zadania. Operacja Paukenschlag miała na celu sparaliżowanie alianckiej żeglugi u wschodnich wybrzeży Ameryki Północnej.