Stephen Baidoo (ur. 25 lutego 1976 w Sekondi-Takoradi) – ghański piłkarz grający na pozycji pomocnika. W reprezentacji Ghany rozegrał 24 mecze.
Kariera klubowa Karierę piłkarską Baidoo rozpoczął w klubie Great Eagles of Tamale. W 1991 roku został zawodnikiem Ashanti Gold. W 1993 roku zadebiutował w jego barwach w ghańskiej Premier League. W latach 1994–1996 trzykrotnie z rzędu wywalczył z Ashanti mistrzostwo Ghany. W Ashanti Gold grał do lata 1996.
W 1996 roku Baidoo trafił do Turcji i został zawodnikiem tamtejszego klubu MKE Ankaragücü ze stolicy kraju, Ankary. W tureckiej lidze zadebiutował 19 stycznia 1997 roku w zremisowanym 1:1 wyjazdowym spotkaniu z Zeytinburnusporem. W zespole Ankaragücü występował w podstawowym składzie przez cztery sezony.
W 2000 roku Baidoo odszedł z Ankaragücü do innego tureckiego zespołu, Samsunsporu. W nim swój debiut zanotował 13 sierpnia 2000 w meczu przeciwko swojej poprzedniej drużynie, Ankaragücü, w którym Samsunspor zwyciężył 3:0. W Samsunsporze Ghańczyk występował do lata 2002 roku. Wtedy też wrócił do Ankaragücü i grał w nim przez kolejne 3 sezony, czyli do 2005 roku.
W 2006 roku Baidoo wrócił do Ghany i został zawodnikiem klubu King Faisal Babes z miasta Kumasi.