W maju 1948 r. Syria przystąpiła do I wojny izraelsko-arabskiej, jednak nieudolne dowodzenie doprowadziło do licznych porażek i dużych strat syryjskich wojsk. We wrześniu az-Za’im otrzymał awans na generała i został mianowany nowym szefem Sztabu Generalnego Syryjskich Sił Zbrojnych. Wojenne niepowodzenia były wielkim szokiem dla syryjskich oficerów. Oskarżali oni prezydenta Szukri al-Kuwatli o nieudolne dowodzenie armią i niegospodarne zarządzanie państwem. Wzrost niezadowolenia pogłębił się, gdy aresztowano kilku wysokich oficerów pod zarzutami korupcji. Sytuacja zmusiła generała az-Za’ima do przeprowadzenia w dniu 29 marca 1949 r. bezkrwawego zamachu stanu i obalenia rządów prezydenta al-Kuwatli. Obalony prezydent został uwięziony i następnie wydalony do Egiptu.
Zamach został przeprowadzony przy poparciu Syryjskiej Partii Socjalno-Narodowej, której az-Za’im był członkiem. Był to pierwszy wojskowy zamach stanu przeprowadzony w Syrii. Miał on długotrwałe skutki, takie jak osłabienie kraju i rządu, oraz rozpoczął serię coraz bardziej brutalnych wojskowych buntów. Tylko w 1949 r. doszło do dwóch kolejnych zamachów stanu.
Prezydentura 30 marca 1949 r. generał Husni az-Za’im ogłosił się nowym prezydentem Syrii.