W 1604 roku teren został zwrócony franciszkanom, którzy zaczęli odbudowę zespołu kościelno-klasztornego. Według pewnych przekazów zbudowali jedynie kościół z „jedną wieżą”. W 1619 roku w czasie wojny trzydziestoletniej obiekty te znowu zostały skonfiskowane przez władze i przeznaczone na drukarnie i niemiecko-ewangelicką szkołę. Oblężenie Kłodzka przez wojska cesarskie dało się silnie we znaki obu budynkom. Po zajęciu miasta przez tę armię, na rozkaz cesarza Ferdynanda II Habsburga zwrócono franciszkanom ich posiadłość.
Obecna budowla powstała na miejscu poprzednich w latach 1628–1631, kiedy oddano ją do użytku w stanie surowym, ale jego wykończenie trwało jeszcze bardzo wiele lat, ze względu na niekorzystne warunki materialne zakonu do 1697 roku.
W 1810 roku zakonników usunięto z klasztoru i kościoła na mocy dekretu o sekularyzacji, a budynki stały puste przez dziesięć lat, kiedy to po nieznalezieniu chętnych na ich kupno, władze urządziły w świątyni katolicki kościół garnizonowy. Sytuacja taka miała miejsce do zakończenia II wojny światowej. W 1945 roku do kościoła wrócili franciszkanie ze śląskiej prowincji św.