Najważniejszymi z nauk soboru były: Trilogus in materia scismatis (ii.83) oraz De unitate Ecclesiae (ii 113), w których, podążając za Pierre'em d'Ailly, Gerson udowadnia, że idealna jedność Kościoła, bazująca na Chrystusie, a zniszczona przez papieży, może zostać przywrócona wyłącznie przez sobór powszechny, najwyższy i pełny w prawach, choć nie zwołany przez papieża. Sobór odwołał obydwu antypapieży i powołał na namiestnika św. Piotra Aleksandra V. Gerson został wybrany, aby wygłosić do nowego papieża mowę o jego obowiązkach. Zrobił to w swoim Sermo coram Alexandro Papa in die ascencionis in concilio Pisano (ii 131). Wszystkie nadzieje na reformy zostały jednakże ochłodzone w trakcie panowania nowego papieża, który, jako franciszkanin, hołubił swój zakon ponad wszelką miarę. Wydał bullę, wedle której kler parafialny i uniwersytety zostały zdane na łaskę i niełaskę mendykantów. Na uniwersytecie paryskim narastał bunt, wiedziony przez jego kanclerza, który napisał stanowczy pamflet: Censura professoru in theologia circa izullam Alexandri V (ii. 442).