Toponimia Pochodzenie nazwy Kwidzyn nie jest do końca pewne. Jedni uważają, że pochodzi od pruskiego imienia Kwedis z przyrostkiem -in (*Kwedīns) i oznaczała ona obszar, należący do osoby o tym imieniu. Inni natomiast wywodzą ją z litewskiego słowa o znaczeniu 'przewrócić, zdmuchnąć (o wietrze)', skąd etymologiczne znaczenie Kwidzyna: 'miejsce, gdzie jest wietrzno'.
Nazwa miasta na przestrzeni wieków zmieniała swoje znaczenie. Po ponownej lokacji w 1336 roku, oficjalna nazwa miasta brzmiała Marienwerder od niemieckiego słowa Werder – wyspa rzeczna, ostrów, kępa oraz Marien – mariacki, co można było tłumaczyć jako Ostrów Maryjny lub Kępa Mariacka, zapisywana również po łacinie jako Insula Sanctae Mariae. Nazwa ta funkcjonowała do 1945 rokuZarządzenie Ministrów: Administracji Publicznej i Ziem Odzyskanych z dnia 7 maja 1946 r. ()..
Od czasów międzywojennych do 1948 roku używano nazwy KwidzyńAkty prawne., natomiast oficjalną nazwę Kwidzyn ustalono dopiero w 1948 roku. Obecnie formę Kwidzyń uważa się za błąd.