Wieża św. Tomasza (, ) – jedna z pięciu umocnionych kamiennych wież obserwacyjnych, zbudowana za czasów wielkiego mistrza kawalerów maltańskich Alofa de Wignacourt w okresie pomiędzy latami 1610–1649. Wieże Wignacourta różnią się od wież Lascarisa oraz wież de Redina. Nie są prostymi wieżami obserwacyjnymi, a w zasadzie sporymi fortyfikacjami umożliwiającymi stawianie oporu i stanowiącymi schronienie dla załogi. Wieża została nazwana imieniem św. Tomasza, którego kaplica znajdowała się w pobliżu.
left|150pxWieża św. Tomasza została zbudowana w roku 1614 na wysuniętym cyplu w miejscowości Marsaskala, we wschodniej części wyspy Malta. Sąsiadowała ze znajdującą się z drugiej strony zatoki Marsaskala (na przylądku Ponta taż-Żonqor), a zburzoną w roku 1915 wieżą Żonqor (jedną z wież de Redina). Koszt budowy obiektu wyniósł 12 000 skudów.
Za panowania wielkiego mistrza Ramona Perellos y Roccaful był realizowany plan umocnienia wybrzeży wyspy siecią fortyfikacji. Zbudowano wówczas 2 nabrzeżne baterie chroniące zatokę św. Tomasza baterię Maħsel oraz baterię Riħama oraz dobudowano baterię do Wieży św. Tomasza (1715–1716).
W czasie panowania brytyjskiego na Malcie wieża służyła jako więzienie dla jeńców wojennych.