W 1976 zaangażował się w akcję pomocy robotnikom represjonowanym za udział w wydarzeniach z czerwca tego samego roku. Organizował pomoc finansową, uczestniczył jako obserwator w procesie sądzonych robotników z Ursusa. We wrześniu był jednym ze współzałożycieli Komitetu Obrony Robotników. Jak wspominał Piotr Naimski, wśród działaczy opozycyjnych były różne opinie co do koncepcji działań:
Jan Józef Lipski zajmował się organizacją pomocy dla represjonowanych robotników z Radomia i Ursusa, był nieformalnym skarbnikiem KOR-u, wszedł w skład tzw. Funduszu Samoobrony Społecznej powołanego w maju 1977 dla koordynacji pomocy finansowej represjonowanym. Został aresztowany 19 maja 1977 w grupie jedenastu członków i współpracowników KOR i osadzony w więzieniu mokotowskim. Od 28 do 31 maja 1978 podjął głodówkę w geście solidarności z uczestnikami głodówki w kościele św. Marcina. Zwolniony ze względu na stan zdrowia po interwencji biskupów i prezesa Związku Literatów Polskich Jarosława Iwaszkiewicza w dniu 8 czerwca 1977. W lipcu 1977 napisał list z prośbą o interwencję w obronie więzionych, wręczony 12 lipca 1977 Kurtowi Waldheimowi, w czasie jego wizyty w Polsce.