W 2002 The Prodigy wydali singiel „Baby's Got a Temper”, za którym jednak nie poszło wydanie nowego albumu. Dopiero w 2004 roku ukazał się album Always Outnumbered, Never Outgunned, który jednak nie zyskał większej popularności. Rok później zespół wydał swoje największe przeboje na płycie Their Law: The Singles 1990-2005, na której znalazła się przerobiona wersja piosenki „Voodoo people”.

23 lutego 2009 grupa wydała nowy album zatytułowany Invaders Must Die. W kwietniu 2010 w Budapeszcie Lasertheater w Budapesti Planetárium założył spektakl laserowy do muzyki The Prodigy. Był on wyświetlany do grudnia 2010. Szósty studyjny albumu grupy, zatytułowany The Day Is My Enemy, ukazał się 30 marca 2015. Promowały go takie piosenki, jak „Nasty” i „Wild Frontier”.

2 listopada 2018 roku miała miejsce premiera siódmego studyjnego albumu o nazwie No Tourists, promowanego m.in. przez „Need Some1", „Light up the Sky” i „Timebomb Zone”. Jest to ostatni album grupy nagrany z udziałem wokalisty Keitha Flinta. Wokalista i tancerz The Prodigy odebrał sobie życie 4 marca 2019 r. No Tourists zadebiutował na pierwszym miejscu notowania UK Albums Chart, stając się siódmym z rzędu albumem The Prodigy, który tego dokonał.