Po 1846, kiedy terytorium Wolnego Miasta Krakowa włączono w skład Cesarstwa Austrii, wyraźniej zaznaczyła się dominacja zborowników narodowości niemieckiej. Relacje pomiędzy nimi a polskimi członkami parafii były jednak przyjazne. W każdą niedzielę przed południem odbywały się nabożeństwa w języku niemieckim, natomiast polskojęzyczne nabożeństwa prowadzono w co drugą niedzielę w godzinach popołudniowych.
W 1848 oficjalnie zlikwidowana została parafia ewangelicka w Wielkanocy. Znajdujący się tam kościół został następnie wyburzony, a gruz umieszczono na miejscowym cmentarzu w rozległym grobowcu kalwińskiej rodziny Wielowieyskich, w którym znajdowało się wówczas 17 trumien, jednak dysponował on znaczną ilością dodatkowego miejsca. Teren po kościele został wynajęty rodzinie Ciszewskich, natomiast należące dotychczas do zboru domy zostały zasiedlone przez dworską służbę. Księgi parafialne oraz naczynia liturgiczne zostały przeniesione do parafii w Krakowie, a w elewację kościoła św. Marcina zostały wmurowane również dwie tablice nagrobne pochodzące z tamtejszego cmentarza. Chrzcielnicę ufundowaną w 1707 przez miejscowych ewangelików pochodzenia szkockiego zakupiła parafia rzymskokatolicka w Bydlinie, a znajdująca się w pobliżu kościoła w Wielkanocy figura anioła została przeniesiona w sąsiedztwo grobowca rodziny Wielowieyskich zlokalizowanego na cmentarzu rzymskokatolickim w Nawarzycach.