Rok 1945 zamyka dzieje licznych dwóch sądeckich parafii na skutek przesiedlenia ludności niemieckiej i działań wojennych liczba parafian zmniejszyła się do najmniejszej od czasów kontrreformacji.
Czasy współczesne W 1948 roku kościół Przemienienia Pańskiego został odbudowany ze zniszczeń wojennych i poświęcony. 2 lata później rada parafialna postanawia zachować w swojej nazwie drugi człon Nowy Sącz-Stadło. Nowosądecka parafia stała się filiałem krakowskiej parafii ewangelickiej aż do 1998 roku. W 2008 roku bp Tadeusz Szurman dokonał rekonsekrakcji kościoła ewangelickiego ze Stadeł, który zrekonstruowany, znajduje się w Sądeckim Parku Etnograficznym.
Po staniu się na powrót parafią, nowosądecki zbór liczył kilkunastu wiernych. Początkiem 2009 roku rozpoczęto prace remontowe budynków kościoła. W 2015 roku w budynku parafii zaczął działać nowosądecki Dom Historii. Od 2018 roku prowadzony jest remont budynku kościoła.