Jan Makowski (ur. 1588 w Łobżenicy, zm. 24 czerwca 1644 we Franeker w Holandii) – polski filozof i teolog ewangelicko-reformowany.
Życie Urodził się w kalwińskiej rodzinie. Naukę podjął w 1607, a więc już w dojrzałym wieku, wstępując do Gimnazjum w Gdańsku, kierowanym wówczas przez Bartłomieja Keckermanna. W okresie nauki przysłuchiwał się prowadzonym wtedy w Gdańsku sporom pomiędzy jezuitami a socynianiami.
Następnie zatrudnił się u rodziny Sienieńskich (a później Gorajskich) jako nauczyciel synów szlacheckich i wraz z nimi podróżował po Europie (Praga, Lublin, Heidelberg, Marburg, Lipsk, Wittenberga, Jena). Podczas podróży uczestniczył w licznych dyskusjach na tematy religijne, toczonym między katolikami, socynianami, luteranami i kalwinistami.
W 1613 rozpoczął studia na pod kierunkiem , zakończone uzyskaniem stopnia doktora teologii (1614), pierwszego na tej uczelni. Rok później został tam profesorem teologii, a jego wykłady gromadziły liczne grono studentów z Niderlandów, Niemiec i Europy Środkowo-Wschodniej.